ความเชื่อผิดๆ ที่ส่งต่อกันมารุ่นสู่รุ่นของผู้ประกอบการหรือเจ้าของธุรกิจคือ ถ้าไม่อยากถูกกรมสรรพากรตรวจสอบห้ามขอคืนภาษีโดยเด็ดขาด ส่วนหนึ่งของความเชื่อนี้อาจจะด้วยเพราะว่าเมื่อไหร่ที่ยื่นความประสงค์ขอคืนภาษีแล้วนั้น หมายความว่าบริษัทหรือกิจการยินดีที่จะให้กรมสรรพากรเข้ามาตรวจสอบว่าไม่มีภาระภาษีใดๆ คงอยู่หรือยังไม่ได้ชำระ เพราะถ้าหากกรมสรรพากรตรวจสอบแล้วพบว่ายังชำระภาษีอากรไม่ครบถ้วน ก็จะถูกเรียกเก็บหรือนำไปหักลบกลบในส่วนที่ขอคืนไว้ หรือซ้ำร้ายไปกว่านั้นคือการที่กรมสรรพากรตรวจสอบแล้วกลับต้องเสียภาษีเพิ่มอีกหลายเท่าจากการพบการกระทำที่ไม่ถูกต้องเกี่ยวกับระบบบัญชีนั่นเอง
ฉะนั้น ความจริงเกี่ยวกับการขอคืนภาษีนิติบุคคลคือ สามารถยื่นความประสงค์ขอคืนได้ และแม้ว่าผู้ประกอบการหรือเจ้าของธุรกิจใดๆ ก็ตามอยากตัดปัญหาด้วยการไม่ขอรับคืนเพราะไม่ต้องการให้กรมสรรพากรเข้ามาตรวจสอบ เพราะไม่ชอบความยุ่งยากและไม่อยากเตรียมเอกสาร อย่างไรก็ตามในปัจจุบันนี้ไม่มีทางหลีกเลี่ยงได้เลย เพราะกรมสรรพากรจะทำการตรวจสอบจากการงบการเงินที่ผู้ประกอบการหรือเจ้าของธุรกิจที่ยื่นไว้นั่นเอง หากพบว่ามีรายการที่ภาษีเกินไว้แต่ไม่ขอคืน กรมสรรพากรจะมีนโยบายในการเรียกผู้ประกอบการหรือเจ้าของกิจการนั้นมาตรวจสอบเพื่อคืนภาษีให้ และยังตรวจสอบด้วยว่ามีการปิดบังบัญชีหรือไม่จึงเป็นสาเหตุให้ไม่กล้าที่จะขอคืนภาษี
ทั้งนี้เหตุผลที่สามารถคืนภาษีเงินได้นิติบุคคลต้องพิจารณาว่าภาษีที่จะขอคืนนั้นคือ ภาษีที่เกิดจากการจ่ายภาษีหัก ณ ที่จ่าย ซึ่งเป็นภาษีที่ถูกหักไว้ล่วงหน้า เป็นภาษีที่กรมสรรพากรกำหนดให้นิติบุคคลทุกครั้งที่มีการจ่ายเงินค่าบริการให้แก่ใครก็ตามจะต้องหักภาษี ณ ที่จ่าย เพื่อนำส่งกรมสรรพากร นั่นหมายความว่าถ้าเป็นบุคคลธรรมดาเราจ่ายค่าบริการก็ไม่จำเป็นจะต้องหักภาษี ณ ที่จ่าย ซึ่งอัตราภาษี ณ ที่จ่าย ที่สำคัญมีดังนี้
- ค่าบริการ หักภาษี ณ ที่จ่าย 3%
- ค่าขนส่ง หักภาษี ณ ที่จ่าย 1%
- ค่าโฆษณา หักภาษี ณ ที่จ่าย 2%
- ค่าเช่า หักภาษี ณ ที่จ่าย 5%
ปัจจัยที่มีผลต่อการคืนภาษี ประกอบไปด้วย
1.จำนวนภาษีที่ชำระเกิน
2.ขนาดกิจการและประเภทกิจการ
3.ประเภทสำนักงานสอบบัญชี
4.จำนวนภาษีหัก ณ ที่จ่ายที่ยื่นเพิ่มเติม
5.การเปลี่ยนแปลงอัตราภาษีเงินได้นิติบุคคล
เรื่องภาษีอากรเป็นเรื่องที่อยู่คู่กับโลกธุรกิจขาดจากกันไม่ได้ หากจะพูดอย่างเข้าใจง่ายๆ ก็คือใครก็ตามที่มีเงินได้ย่อมพึงต้องชำระภาษีแก่รัฐถือเรื่องเป็นปกติธรรมดา เช่นเดียวกับการถูกตรวจสอบภาษี ทว่าเกิดจากองค์ประกอบหลายอย่าง อาทิ ประเภทธุรกิจ ความบกพร่องของงบการเงินที่วิเคราะห์ตรวจพบในเบื้องต้น ความมีชื่อเสียงหรือภาพพจน์ของกิจการ ซึ่งปัจจัยต่างๆ มีความไม่เท่ากันในแต่ละสถานการณ์ จึงต้องวิเคราะห์เป็นกรณีหากถูกตรวจสอบขึ้นมา นี่คือเหตุผลที่หลายๆบริษัทจะต้องมีการวางแผนภาษีที่ดี โดยเฉพาะองค์กรขนาดใหญ่ เพื่อไม่ให้เกิดความผิดพลาดที่ไม่คุ้มเสีย
วิธีการของกรมสรรพากรในการตรวจสอบภาษี ได้แก่ การออกตรวจเยี่ยมและแนะนำผู้ประกอบการต่างๆ , การตรวจการปฏิบัติงานทั่วไปในระบบภาษีมูลค่าเพิ่ม , การตรวจนับสต็อกสินค้า ซึ่งจะเป็นช่องทางหนึ่งที่จะอุดช่องโหว่ของการหลีกเลี่ยงภาษีอากร , การสอบยันใบกำกับภาษีเพื่อจะพิสูจน์ว่าเป็นใบกำกับภาษีปลอมหรือไม่ , การตรวจคืนภาษีซึ่งจะทำกับบุคคลธรรมดาในแบบบุคคลทั่วไปที่พบเจอทั้งกรณีที่คืนภาษีก่อนตรวจสอบและขอตรวจสอบความถูกต้องภายหลังได้เช่นกัน , การออกหมายเรียกตรวจสอบภาษี สำหรับวิธีการนี้กรมสรรพากรอาศัยอำนาจตามมาตรา 19 23 88/4 และ 123 แห่งประมวลรัษฎากร โดยสั่งให้ผู้เสียภาษีส่งมอบบัญชี และเอกสารหลักฐานต่าง ๆ ให้กับเจ้าพนักงานได้ทำการตรวจสอบหรือไต่สวนภาษีอากรทุกประเภท ซึ่งข้อนี้อาจมีสาเหตุมาจากการที่เจ้าพนักงานวิเคราะห์แบบแสดงรายการภาษีแล้วปรากฏว่าบุคคลหรือนิติบุคคลได้ชำระภาษีอากรต่าง ๆ ไม่ถูกต้องครบถ้วน , การตรวจค้น ทำการยึด และอายัดบัญชีรวมถึงเอกสาร กรณีนี้ถือเป็นเรื่องร้ายแรงที่สุด เพราะกรมสรรพากรจะส่งเจ้าพนักงานเข้าตรวจค้นรื้อเอกสารและสามารถยึดอายัดเอกสารต่างๆ ที่มีการหลีกเลี่ยงภาษี จึงมักเป็นรายที่มีการหนีภาษีอย่างมากมายและชัดเจน
ดังนั้น เมื่อถูกเรียกตรวจสอบแล้วสิ่งที่ควรปฏิบัติได้แก่ การเตรียมเอกสารให้พร้อม ตรวจสอบว่ากรมสรรพากรต้องการตรวจสอบภาษีอะไร เป็นการตรวจสอบภาษีเงินได้นิติบุคคล หรือ VAT และขอเอกสารใดบ้าง รวมถึงเรียกไปพบเมื่อไหร่ ที่สำคัญคือ ควรไปพบเมื่อพร้อม ไม่ควรไปตามที่สรรพากรนัด เช่น นัดให้ไปพบในวันอังคาร เวลา 09.30 น. ห้ามรับเวลาที่สรรพากรเป็นคนระบุเด็ดขาด แต่ให้เลือกเวลาที่ผู้ประกอบการหรือเจ้าของธุรกิจพร้อมทั้งตนเองและเอกสารที่โปร่งใส ครบถ้วน และตรวจสอบได้นั่นเอง ซึ่งวิธีการเปลี่ยนเวลาเข้าพบให้เปลี่ยนด้วยวิธีการที่กรมสรรพากรไม่อาจปฏิเสธได้ โดยการสำเนานัดหมาย ระบุเวลา และส่ง EMS พร้อมไปรษณีย์ตอบรับไป ซึ่งวิธีนี้เจ้าหน้าที่จะไม่สามารถต่อรองกับได้เลยว่าว่างหรือไม่ว่าง เพราะเมื่อรับจดหมายแล้วนั่นคือเวลานัดและเป็นหน้าที่ที่เจ้าหน้าที่ต้องปฏิบัติตามนั่นเอง
ทั้งนี้ผู้ประกอบการหรือเจ้าของธุรกิจต้องมอบหมายให้ผู้ที่มีความรู้ความเชี่ยวชาญเรื่องภาษี เพื่อให้การตรวจสอบเป็นไปอย่างราบรื่น ซึ่งผู้วางแผนภาษีนั้นต้องให้ความสนใจในเอกสารหลักฐานทางบัญชีตามกฎหมายเกี่ยวกับบัญชีของกระทรวงพาณิชย์ กรมทะเบียนการค้า กองบัญชีธุรกิจที่ได้กำหนดประเภทของเอกสารที่ใช้ประกอบการบันทึกบัญชี รวมไปถึงเอกสารที่สรรพากรยอมรับถือเป็นหลักฐานที่ใช้พิสูจน์ได้ว่าใครเป็นผู้รับเงินสามารถนำไปคำนวณกำไรสุทธิได้ จะต้องศึกษารูปแบบของเอกสาร สัญญาต่างๆ ให้ชัดเจน ดังนั้น การวางแผนภาษีอากรที่ดีจะต้องพร้อมเสนอที่จะให้สรรพากรเรียกตรวจสอบภาษีอากร เพราะการวางแผนภาษีไม่ใช่การหลีกเลี่ยงภาษีหรือการหนีภาษี แต่เป็นการเสียภาษีให้ครบถ้วนถูกต้องประหยัดภาษี และกิจการได้รับประโยชน์สูงสุดในการเสียภาษีอากร ดังนั้นเมื่อกิจการถูกสรรพากรเรียกตรวจสอบภาษีจะต้องมีความพร้อมในด้านเอกสารหลักฐานทางบัญชีและภาษีอากรตลอดจนบรรดาหลักฐานต่าง ๆ ในการเสียภาษีให้ถูกต้องครบถ้วนตลอดเวลา หากเมื่อยื่นขอคืนภาษีแล้วนั้นก็จะสามารถทำได้อย่างสะดวกใจและได้รับความสะดวกสบายในการดำเนินการ